Thorton - Michael Thorton. Čerstvý absolvent špionážní školy CIA se pouští do akce. Nad východní Evropou je sestřeleno dopravní letadlo a jste to právě vy - tedy Michael Thorton, kdo musí vypátrat viníky. Že to nebude nic snadného je zřejmé už z toho, že útok byl proveden nejmodernější americkou protivzdušnou raketou, která se nějak dostala do nepovolaných rukou. Čeká na vás zásadní rozhodnutí - jste jediný, kdo se mlže dopátrat pravdy, ale abyste vyřešili svůj první úkol, budete se muset pustit do vyšetřování na vlastní pěst. Využít tzv. Alpha Protocol, který platí pro agenty v nejpřísnějším utajení.