Půl roku po té, co hnutí odporu rudou planetu osvobodilo, se Mars opět stává bojištěm. Povrch planety je neobyvatelný, a tak se horníci přesunuli do podzemních důlních šachet. Darius Mason, vnuk hrdinů revoluce Aleca Masona a Samanyi, nevědomky přispěje k tomu, že se dávné zlo z hlubin Marsu opět probouzí k životu. Na planetě se rozpoutal armagedon, a osady a základny jsou doslova trhány na kusy. Darius, který tuto situaci vlastně způsobil, se chopí role neohroženého hrdiny a se svým týmem Red Faction se vydává zachránit Mars a vlastně i celé lidstvo. Cesty ho zavedou do jádra bouře, ledových jeskyní nebo lávových kaňonů.